Zdravím Vás,
root je OK. Já osobně bych se pídil, proč se nevytváří soubor "mysql.cnf" . Zkontroloval bych jméno toho souboru
"mysql.cnf" . Nemá být třeba ".mysql.cnf" nebo "my.cnf" , přístupová práva OK ? Je jeho umístění ve správném adresáři ? Pokud jej vytvoříte ručně (to bych zprvu nedělal, pokusil bych se najít nějaké "předvařené" *.cnf = na netu, nebo v instalačním balíčku), tak bych se pokoušel plnit ono "?.cnf" obsahem, který přímo ovlivňuje chod serveru (např. spojení na konkrétní databasi..), prostě "dostat mysql pod kontrolu" prostřednictvím *.cnf...
Pokud to půjde, tak bych prošel poté script, který spouští |zastavuje | restartuje mysql, jestli náhodou není monitoring sql prováděn přes pid, mohlo by se stát,že script reaguje na jiné pid než má přiděleno aktuální mysql.
Rady jsou to obecné, a třeba se Vám právě hodí jako mrtvému zimník. Mysql není můj šálek čaje, ale třeba Vás to navede nějakým užitečným směrem ...