To je jednoduché. V Nautilu si najedete na svůj soubor něco.pas, pravým tlačítkem myši si vyberete volbu "Vlastnosti" a na kartě označené "Otevřít s" si vyberete, že ho chcete spouštět pomocí "Free Pascal". Pak už stačí na program jen poklikat a otevře se automaticky pomocí příkazu fp.