No, osobně bych to risknul - vypnout komp, odpojit 2600, připojit 4650 a zapnout. Jelikož ovladač v linuxu je pro všechny atiny stejný, mělo by to makat. A kdyby to nešlo, vždycky tam můžeš strčit zpátky původní kartu.
Poku by to nešlo, napřed bych odebral ovladač fglrx a po výměně karet ho znovu nainstaloval.
Mimochodem, nejsem si jist, zda-li záměnou HD2600 za HD4650 získáš něco víc, než už máš. Ač třebas nemá HD2600 výstup HDMI, jistě má DVI výstup, pro který existuje redukce na HDMI (dokonce je schopné DVI na těchto atiných posílat do HDMI i zvuk - otázkou je, zda-li to umí linuxový ovladač). Na winech je to potom otázka, zda-li koupit redukci za 100Kč nebo grafárnu za 2000Kč.