A pokud máš samostatnou partition /home, tak můžeš udělat to, že ji při přeinstalaci neformátovat a zůstanou ti tam i všechny dokumenty a nastavení aplikací (skryté konfig soubory .jm_aplikace), pak by mělo stačit tyto aplikace jen znovu nainstalovat z repo (aspoň u mě to tak fungovalo bez problémů).