Tak nakonec sem to vyřešil trošičku drastičtější metodou:
V programu PSPad v záložce Hledat je dobrá utilitka Hledat/Nahradit v souborech...
zde jsem nastavil:
-Hledaný text: <a href="/
-Zaškrtnout nahradit textem a do okenka napsat: <a href="/cesta k souborum/
- da se určitě udělat i relativní adresou <a href="./
-Odškrtnout pouze celá slova
-Zaškrtnou rozlišovat velká písmena (v případě použití absolutní cesty - /home/user/Documents/Ubuntu/ )
-Nechat zaškrtnuté: Vymazat výsledky předchozího hledání
-Zaškrtnout v rozsahu hledání: v zadaném adresáři, a zde potom najdu cestu k souborum
Dame OK chvilku to bude probíhat a poté by měla vyskočit hláška kolik souborů a záznamů bylo změněno...
Pokud chcete jiné řešení zkuste prozkoumat program "sed", bohužel ať sem se snažil jak to šlo, nebyl sem schopen opravit všechny zaznamy, vždycky se upravilo jen něco pomocí příkazu sed...