zdar, dělá mi to taky po té co jsem nainstalil Kubuntu 9.10.
Je to prej problém s Compiz jako že javovský okýnka nejsou GTK nativní a proto je nutno vypnout Compiz. Ale mě to dělá i když ho vypnu :-(
A co vím tak 9.10 vypíná Compiz automaticky pokud je spouštěna nekompatibilní aplikace