Nevím, pokud tomu správně rozumím, tak jste obě části disku zformátoval... čili smazal úplně všechno co na nich bylo. To budete potom muset nainstalovat všechno znova... začal bych instalací Windows, Ubuntu instalujte jako druhý systém, naopak to dělá problémy. (Zkuste ještě nabootovat z CD a podívat se, jestli je disk co jste formátoval opravdu prázdný, nebo ne. Jestli ano, tak bohužel...).