Myslím, že gnome-panel neumožňuje mít dva panely na stejném místě a není to nijak ošetřené, proto se vám zasekne. Nevím k čemu je tohle nastavení dobré, asi se vám nevleze vše co chcete na jeden panel a chcete to mít vše na jedné straně aby vám nezabíraly místo. V tom případě bych doporučil nějaký panel třetí strany, třeba AWN, Cairo dock, nebo gnome-do v módu docky. Tam už půjde nastavit pozice nahoře, dát autohide a ikony nastavit na stejnou velikost, případně doladit barvy a animace. Je to řešení trošku obloukem, ale když si s tím pohrajete, bude to fungovat.