mám podobný problém, nejde mi např. spustit synaptic - chvíli nic, pak se zeptá na heslo, pak chvíli hrabe disk a nic. když ho ale spouštím přes terminál přes sudo, řekne mi to pak ať přejedu prstem přes čtečku. zkusil sem to pak udělat v grafickym rozhraní - než se to zeptá na heslo, přejedu prstem po čtečce a hle - zapne se synaptic. předpokládám že systém vůbec nepočítá s nějakou čtečkou prstů a prostě na to nemá grafická okna.
jak toto řešíte? dá se to nějak zakázat v /etc/pam.d/common-auth? Myslím tm třeba nastavit ať se použije čtečka jen při startu a nebo ještě lépe, jak naučit systém ptát se místo hesla na čtečku.
nastaveno pomocí tohohle: 
http://forum.ubuntu.cz/index.php/topic,28811.0.html