Asi tě to už napadlo, ale pro pořádek, kdyby to někdo hledal -
stačí najet třeba v Nautilu na adresář v záloze ~/.evolution, a zkomprimovat ho jako .tar.gz (třeba v nabídce po kliknutí pravým myšítkem na soubor). Vzniklý archiv (.evolution.tar.gz) pak podstrčit Evolution jako zálohované nastavení, třeba pomocí Soubor → Obnovit nastavení v programu.