Rychlé a snad jednoduché vysvětlení: Je to naprosto normální Ubuntu, co se po stránce systému týče. Jediný rozdíl je v tom, jakým způsobem je nainstalované. Při klasické instalaci se disk rozdělí na více částí (oddílů) a na jednu z nich se nainstaluje Ubuntu (hodně zjednodušeně řečeno). Při instalaci pomocí Wubi se disk nedělí, ale vytvoří se speciální "soubor" ve Windows, který nahrazuje právě ten samostatný oddíl disku.