Pravdepodobne, ešte len začínaš s programovaním však?
Syntaxy sú všade rovnaké, ale používajú iné knižnice. Pod windows používaš iné knižnice a pod linuxom iné. Sú ich stovky a pre každý OS iné, až na niekolko základných (myslím).
Ked skompiluješ zdroják C v linuxe pod cc (kompiler Céčka), tak ti vyhodí binárku, ktorá funguje len v Linuxe. To isté platí aj pre Windows, vyhodí ti exe.
Ked kompiluješ zdroják v Linuxe (alebo na opak), ktorý používa knižnice z Windowsu (alebo naopak), tak samozrejme ti vyhodí chybu.
Ak chceš univerzálny jazyk, odporúčam ti Javu. Je možno síce pomalšia, ale zdrojáky sú všade rovnaké, ktoré keď skompiluješ vytvoria binárku, ale tá nebeží priamo pod OS, ale pod Javou, ktorá sa stará o to, aby na Linuxe aj Windowse bol výsledok rovnaký. To sa s iným programovacím jazykom dosiahnuť nedá.