Napadají mě dvě řešení:
1) v tom programu od nVidie je někde tlačítko ve smyslu "uložit současné nastavení do xorg.conf". Ale to už jsi možná zkoušel
2) nenastavovat to přes program od nvidie, ale přes xrandr - google určitě poradí. Je to textový nástroj na konfiguraci monitoru a umí toho docela dost. Na jeden až dva příkazy dosáhneš toho nastavení, které potřebuješ a pak ty dva příkazy zkopíruješ do nějakého skriptu, který se provádí po spuštění počítače. To by mělo pomoct.