Problém je vyřešen: chyba byla v tom, že svn verze avidemuxu se neměla ráda s nainstalovanou verzí libx264-dev.
Nicméně, pro ty, kteří si podobně jako já v dapperovi zvykli na avidemux 2.2 a 2.3 ze svn a v eftovi tápou jak jej nainstalovat tak, aby byl plně funkční (zejména co se týče podpory x264), připojuji toto "mini-howto"

1) povolit "universe" repozitáře
2) nainstalovat balíky potřebné ke kompilaci:
sudo apt-get install apt-get install automake1.9 g++ gcc liba52-0.7.4 liba52-0.7.4-dev libfaac-dev libfaad2-dev libstdc++6 libgtk2.0-dev libglib2.0-dev libsdl-console-dev libxv-dev pkg-config liblame-dev libmad0-dev libvorbis-dev libxml2-dev libxvidcore4-dev libx264-dev subversion mozilla-dev
3) namluvit kompilátoru, že je nainstalován balík spidermonkey /který dělá kvůli závislostem dost velké problémy - proto ta mozilla-dev v bodu 2)/:
sudo ln -s /usr/lib/firefox/libmozjs.so /usr/lib
4) stáhnout svn verzi avidemuxu:
svn co svn://svn.berlios.de/avidemux/branches/avidemux_2.3_branch/
(nebo svn co svn://svn.berlios.de/avidemux/branches/avidemux_2.2_branch/)
5) připravit kompilaci:
cd avidemux_2.3_branch
make -f Makefile.dist
6) zkompilovat:
./configure --with-jsapi-include=/usr/include/mozilla/js --with-newfaad
make
7) nyní se v adresáři ~/avidemux_2.3_branch/avidemux nachází spustitelný soubor avidemux2 - cíl tohoto mininávodu.
Pro ty, kteří jej chtějí mít v systému je make install.
-----
Tento mininávod vychází z:
http://www.ubuntuforums.org/showthread.php?t=203898&highlight=compile+avidemuxhttp://www.avidemux.org/wki/index.php?title=Compiling_Avidemuxhttp://www.avidemux.org/pun/a vlastních zkušeností
Vpřípadě problémů doporučuji hlavně anglickou diskusi pod návodem na ubuntuforums.org, kde je poněkud drastický ale funkční (ověřeno) postup jak nainstalovat knihovny, které kvůli závislostem v edgym nainstalovat běžně nejdou.