To je jeden z nejškaredějších bugů, co jsem kdy viděl

A nenašel jsem ani žádné jednoduché řešení.
Co bych zkusil já - hlavní problém je, že ten textový soubor
Inbox je nějakým způsobem navázán na další metasoubory, takže úpravy jsou problematické, protože do té databáze nevidím.
Nejdřív bych zálohoval všechna data Evolution.
Potom zvlášť ten soubor
Inbox.
Při zavřeném Evolution otevřít ten soubor a zkusit promazat nějakou zprávu. Mělo by stačit se dostat mírně pod 2GB. Nedoporučoval bych vymazat nějaký celý mail, spíš jeho část (nějakou nedůležitou) nebo jeho přílohu.
Uložit a zkusit se podívat, jestli to spolknul.