Osobně nevídím žádný důvod proč si *šifrovat* soubory nutné pro běh systému, leda že se bojíš že by ti někdo přiběhl k počítači a ukradl nastavení počítače
Já jako paranoik mám nastavené šifrování jen /home, a to pomocí ecryptfs, ubuntu to myslím umí už v základu, ale jsou s tím někdy i celkem problémy, takže ani moc nedoporučuju.