Taky jsem se s tím potýkal. Záleží na tom, co konkrétně ty skripty dělají. Pokud se např. potřebuješ připojit k X serveru uživatele, dá se použít příkaz export DISPLAY=:0.0 apod. Často je to ale k zlosti, pokud je potřeba spouštět příkazy jako uživatel, ne vše funguje. Pro zajímavost si třeba porovnej sudo cat /proc/`pidof cron`/environ s jakoukoliv jinou aplikací spouštěnou ze sezení.
Nakonec jsem skončil u svého vlastního "cronu", který se spouští se sezením.