Také jsem byl nucen se tímto problémem zabývat a zjistil jsem:
1) Mapy rozložení kláves jsou vyhledávány v adresáři $HOME/.rdesktop/keymaps/, anebo musí být cesta k nim v proměnné KEYMAP_PATH (man rdesktop).
2) Nejlepší výsledek jsem docílil s mapou en-us a ve windows přepínat angl. a češtinu Alt-Shift.
Funguje vše, y a z jsou správně pro us i české rozložení a funguje i levý Alt-num.kl.
Při přípojení terminálu k windows je samozřejmě nastavena us klávesnice.
3) Pokud v mapě en-us nastavím kód mapy na 405, nastaví se při připojení česká klávesnice, vše funguje, ale nelze se přepínat do jiných rozložení.
4) A VELMI DŮLEŽITÉ: v ubuntu je nutné mít stále USA klávesnici. Pokud mám přepínání klávesnic v ubuntu kl.zkratkou Alt-Shift, pak se při přepnutí ve windows přepne i v ubuntu a začnou problémy. Nastavil jsem si proto v ubuntu přepínání Alt-CapsLock.
Pozor na práva při kopírování rdesktop do domovského adresáře (rdesktop je v /usr/share/).

Snad jsem na nic nezapomněl
