To je běžný problém této verze, pomůže upgrade na 1.7, která je mnohem stabilnější.
Krusader je o trochu stabilnější ve verzi 1.7, bohužel Krusader-root-mode se nedá spustit, což je škoda. Lze to řešit např.
sudo krusader
Občas se mi stane, když se vrtám ve skrytých systémových složkách, že spadne 

 Jinak je to dobrý souborový manažer.