Oba uvedené přístupy mají své chyby/nevýhody. Pokud nemáš aspoň trochu zkušenosti, s rm bych si moc nehrál.
Když už, tak aspoň pro začátek dávej místo rm příkaz echo, ať vidíš, co se bude mazat. Nebo nainstaluj trash-cli a vyhazuj soubory do koše přes příkaz trash. Taky doporučuju namísto cronu dávat příkazy do crontab uživatele.