Myslím, že pokud nesouhlasí poslední připojení a systémový čas jen o trochu (24 hod.), fsck to v superbloku opraví automaticky, pokud je to o hodně, bere to jako poškození FS, a radši se ptá, co s tím. Problém je to většinou jen při bootování, protože po připojení k internetu si to už čas srovná samo (ukazovalo Ubuntu správný čas před opravou systémového času?)
Nastavit jinak se to dá pomocí e2fsck.conf, viz jeho manuálové stránky (je tam i stručné vysvětlení proč je výchozí chování takové, jaké je) a proměnná broken_system_clock.