U ISPc musíš používat adresáře které ti přidělí, takže si doménu zadat v administraci, vytvořit site, ftp a sql ucet , web si administrovat přes tyto vytvořené účty jinak ti to nebude fungovat. Při jakékoliv upravě v isp administraci se konf soubory přepíšou podle defaultu ISP a třeba adresář / nemusí být přístupný vůbec. Zvlášť pokud používáš fastcgi spolu s SUexec. Pak je web script spouštěn přímo v adrersáři s právy uživatele a jinde se nespustí a ani jinam nemůže zasahovat.
Takže žádné ruční úpravy vytvořených konfiguračních souborů ispc. instalace jiných než uživatelských webscriptů a sites se pak musí vytvářet ručně a odděleně od konfigů ispc aby se mezi sebou nepopraly. Pozor na nastavení ispconfig.vhost ve verzi 3.2 se přešlo uplný zákaz čtení z adresářů ktere nejsou přesne definovány. týká se napríklad softu v /usr/share (roundcubewebmail, phpsysinfo, a další sites) musí se ručně dopsat.