Ja jsem pridal do ~/.gconf/apps/empathy/notifications/%gconf.xml radek
<entry name="notifications_coming_message" mtime="1272995745" type="bool" value="true"/>
a u prichozi zpravy, pokud je okno pokecu zavrene, me empathy upozorni decentnim zvukem.
Mozna to neni moc "profi" reseni, ale mne funguje :-) .