Teda moc nevim, ja mam dock, ale asi princip bude stejný. Zkus "gconf-editor" a v něm:
"apps/rhythmbox/plugins/status-icon" a odškrtni položku "Active"
Přestane se objevovat ikona v oznamovací části na "zavřít (křížek)" se neminimalizuje, ale skutečně zavře.