Přesně s tím teď laboruju.
Mencoder je velice mocný, sice funguje jenom z příkazové řádky, ale má svoje kouzlo. Chce to asi experimentovat, hodně závisí od rychlosti konkrétního PC, do jakého formátu bude stíhat zachytávat, v jaké kvalitě, rozlišení atd.
Pro jednorázové načasování bych použil "at", pro pravidelné nahrávání "cron".