Ak máš rozdelený disk na partície, tak to nebude žiadny problém. Klasická inštalácia wokna, samozrejme na inú partíciu ako máš ubuntu.
Ak ho nemáš rozdelený, urob to cez GParted,ak ho ešte nemáš nainštaluj si ho cez Synaptic. Podľa mňa woknu stačí 5 GB ale to nechám na teba, neviem čo všetko doň budeš chcieť dať.
Partíciu, kam ho nainštaluješ ti naformátuje na NTFS a prepíše ti aj GRUB na svoj zavádzač, ktorý bude priamo spúšťať wokna, bez možnosti zvoliť si ubuntu, ale to sa spraví. Ale inštalácia je úplne v hohode.
Potom budeš potrebovať vo wokne nainštalovať niečo na prezeranie linuxových Ext2 a Ext3 partícii, ja som spokojný s Ext2IFS, nájdeš ho na 
http://www.fs-driver.org/download.html. Budeš na ne môcť zapisovať i z nich čítať. To bude asi všetko, čo budeš potrebovať vo wokne.
Aby si sa znovu dostal do ubuntu, budeš musieť preinštalovať woknov zavádzač grubom, k tomu budeš potrebovať live CD Ubuntu, ak ho nemáš poruke, fungovalo mi to napr. aj s Knoppixom. To urobíš... Nechce sa mi to hľadať na nete... Z live CD spustíš terminál a zadáš "sudo grub" (bez úvodzoviek), potom "find /boot/grub/stage1". Vypíše ti, kde sa nachádza grub, napr (hda0,x). Potom zadáš "root (hda0,x)" (to čo ti pred chvíľou vypísalo, odporúčam to skopírovať z predchádzajúceho riadku, lebo ked som to prepisoval skoro nikdy mi to nechcelo uznať). Vypíše ti niečo v tom zmysle aký je to filesistem atď. Potom už len potrebuješ zadať "setup (hd0)" a malo by to byť (hda0 znamená, že to chceš zapísať na prvú časť disku, tam, kde je teraz woknov zavádzač, čiže ho prepíšeš). Odídeš príkazom "quit", reštartuješ komp a mal by si tam mať grub ako predtým s možnosťami vybrať si ubuntu alebo wokna. Je to napr aj tu 
http://www.sorgonet.com/linux/grubrestore/.
V ubuntu by som ešte navrhoval nainštalovať ntfs-3g, aby si z linuxu mohol zapisovať na woknove disky, návod je na 
http://ubuntuos.wordpress.com/2006/08/02/howto-write-to-windows-ntfs-drive-from-ubuntu-ntfs-3g/ . To bude asi všetko, čo budeš potrebovať vedieť. Jedna rada na záver, ak budeš často používať wokna aj ubuntu, nepoužívaj radšej hibernáciu, vyhneš sa starostiam.