Je v tom pěkný zmatek, ale mělo by stačit přečíst si manuálové stránky k apt-get. Zkusím to shrnout.
update - zjistí, které balíky jsou k dispozici. Důležité je si také uvědomit, že tyto informace záleží na tom, jaké máte povoleny zdroje, takže se mohou počítač od počítače lišit.
upgrade - nainstaluje novější verze balíků. Neinstaluje balíky nové a žádné automaticky nemaže. Z toho také plyne, že pokud (a to je zde důležité) upgrade nějakého balíku na novější verzi by vyžadoval instalaci nebo odstranění nějakého jiného, k jeho upgradu NEdojde - k tomu slouží příkaz
dist-upgrade - upgraduje i za cenu toho, že bude potřeba některé balíky odstranit nebo nainstalovat. NEznamená automaticky přechod na novou verzi systému (jestli nevěříte, dejte si třeba apt-get --dry-run dist-upgrade) - k němu by došlo jen tehdy, pokud byste si změnili zdroje.