Ano, musíš přepsat parametry (v lilu) toho naklonovaného disku podle toho, jakým způsobem ten disk máš připojený k počítači. Takže ten neklonovaný disk je 1,0 (to je myslím Second Master?), "nový disk" může být třeba 1,1. Nevím jak to je, pokud ho připojuješ v USB rámečku, jak jsem si všiml na začátku toho obrázku.
Edit...Nevtuším jak je na tom Lilo, v Grubu je ještě taková ošidnost, že pro systém je např. 1. oddíl na disku sda - sda1, nebo taky (0,0), kdežto v Grubu je ten samý oddíl (0,1). Zkus tedy před bootováním editovat spouštěcí řádek Lilo (v grubu to jde) a zkus nastavit správný oddíl. Potom už v konfiguráku snadno nastavíš změnu natrvalo.Problém může být i v kombinování sata/ata disků ,ale to bych nechal stranou...