Desktop a Server verze se liší jen instalačním médiem (a softwarem obsaženým ve výchozí instalaci), zdroje softwaru (repozitáře) jsou úplně stejné. (Teoreticky není problém nainstalovat si Ubuntu z instalačního CD pro server a doinstalováním patřičných balíků si z něj udělat stejný systém jako ten, který je možné získat instalací z instalačního CD pro desktopy.)
Co se rozdílu v podpoře týče, tak ten je v tom, že po 3 letech přestanou vycházet aktualizace (vč. bezpečnostních oprav) pro ty části Ubuntu, které jsou považovány za "desktopové" (GNOME, OOo, Firefox...) a vycházejí jen pro ty "serverové" (Apache, MySQL,...)