S tím, co píše TIBOR, tento problém nemá nic společného. To, že Compiz chápe pracovní prostor jinak, je pravda, ale tohle je nastavení Compizu, ne Metacity.
Ten problém, který máš souvisí nejspíš s chybou při zadávání třídy okna, kdy použití funkce "Grab" sice funguje, ale po klepnutí na tlačítko Add, se již třída aplikace do nastavení nezapíše a zůstane tam pouze "class=", což samozřejmě zahrne všechna okna. Je nutné název třídy okna ručně zapsat za rovnátko a bude to fungovat.