Pokud podmíníš spuštění další úlohy úlohou jinou, čeká se na ukončení té předchozí a na základě výsledku se naloží s následující. Ty potřebuješ spouštět úlohy paralelně, tudíž musíš spustit jednu, odeslat na pozadí a pouštět další.
unione & nautilus /var/www/UniOne
Ještě poznámka: pokud bys to dával do spouštěče, musí se z toho udělat příkaz jeden:
bash -c "unione & nautilus /var/www/UniOne"
A ještě jedna věc. Záleží také, co máš v tom aliasu, evidentně končí něčím, co se neslučuje s dalším kódem - viz ten error.