To asi nebude to co chce

Řek bych že je to tím, že v Alt + F2 neběží běžný shell a
& monodevelop se bere jako parametr pro
gnome-terminal. Řešením (asi ne zrovna optimálním) je psát
sh -c "gnome-terminal & monodevelop". Nebo prostě ten Ale + F2 zmáčknout 2×.