Pokud nemáte zvlášť /home, tak třeba z Live CD prostě vše smazat, kromě /home/uživatel. Pak v uživateli smazat vše, co nechcete (hlavně skryté soubory), jinak se bude prát nastavení programů. Grub by si to měl překousnout a vše rozeznat znovu.
Ve Fedoře pak zvolit ruční dělení a oddíl / NEFORMATOVAT!!!
Je to napsáno všeobecně, musíte trochu uvažovat...