to je docela zvláštní. když to tedy shrnu, tak jsi smazal adresář ~/.eclipse a zároveň jsi provedl čistou instalaci Eclipse a stále nelze nastartovat? pokud je to tak, tak jej spusť v konzoli a napiš sem chybovou hlášku. myslím, že by se měla na konzoli objevit, popř. bude někde v logovacím souboru. mimojiné, tento plugin používám také a žádný problém jsem nezaznamenal. jakou verzi Eclipse používáš, popř. odkud jsi ji instaloval (z webu, ze Synapticu)?