Ukládání na disky s NTFS je to poměrně snadné :-)
Vytvoříš oddíl s NTFS, namountuješ ho do systému (nejlépe zavést v fstab) a poté se tento oddíl chová v podstatě stejně jako každý jiný oddíl...liší se jen úpravou práv, tam je to trošku jinak, než u klasických linuxových file systémů, ale co se ukládání týká, tak není problém ..u tebe muselo dojít k nějaké chybě možná už při vytvoření tohoto oddílu, případně při nesprávném mountu..