Nejsem si jist, zda ti správně rozumím.
Nelíbí se ti struktura těch "windows"?
Se složkami v ní můžeš pracovat normálně jako v Linuxu - wine až při běhu převádí lomítka a tyhle technické věci. Čili si tam takovou věc můžeš v klidu vyrobit - otázkou je jak si s tím budou rozumnět programy, protože struktura systémových složek je věcí OS (na Windows, na Linuxu je to spíš doporučení).
Čili použij normálního správce souborů, či normální příkazy v comand line.