Unity 2D rozhodně nemůžeš konfigurovat přes Compiz. To, co v Compizu konfiguruješ je Unity 3D. Unity 3D je prostředí, které je postavené jako plugin Compizu. Unity 2D je naprogramováno v QT a běží samostatně, není tedy žádným pluginem Compizu a rozhodně ho přes to nenastavíš.
Navíc mám pocit, že ZATÍM Unity 2D nejde nijak nastavovat, ale to nemám nijak ověřené, protože sám používám 3D verzi. Jediná možnost nějakého nastavení je možná gconf-editor... Ale fakt nevim a nic neslibuju.
Jinak ještě k tomu cos sem poslal za výpis - prostě se Ubuntu nezdá, že chceš spouštět Unity 3D v době spuštění 2D verze.