Na původní systémovou část disku bezproblémů nainstalujete Ubuntu, ztráty dat se bát nemusíte, linux vám je "jen tak" nesmaže, data můžete ztratit pouze tak, že omylem naformátujete disk oddíl, který chcete ponechat (pokud při instalaci myslíte a dáváte pozor, tak to neuděláte).
Problém bych viděl v další práci s vašimy daty, linux sice bezproblémově data z NTFS čte, ale pro zápis musíte použít program ntfs-3g, který má stále svoje mouchy a není to nejideálnější řešení.