Kdyby existoval repozitář s více verzemi programu, jak psal Kedrigen, bylo by to fajn. Jenže šance, že takový repozitář existuje je, řekl bych, dost malá...
Spíš bych zkusil využít zdrojové balíčky a prostě to jen zkompilovat a používat program ve složce, ve které jsi ho sestavil (zkrátka vynechat make install). Takhle to standardně je třeba se zdrojovými balíčky Firefoxu, kde je program myslím už zkompilovaný. Nic ti pak nebrání celý adresář někam umístit, a k aplikaci si vytvořit vlastní spouštěče. Toto řešení je podle mě nejlepší.
Instalovat ty dvě verze ze zdrojáků nevím, jestli jde. Řekl bych, že dost těžko. Obě verze budou používat na 99% soubory se stejnými jmény i cestou, které se přepíšou. A když bys změnil jejich jména, tak zase snadno může dojít k naprosto nerozluštitelným chybám...