s pdf a cestinou jsou obecne problemy, nejen na ubuntu ale i na windows. zalezi totiz na programu, ktery dane pdf vytvori. nekdy jsou ty texty vytvorene bez diakritiky, a hacky a carky jsou tam pouze domalovane (!!). pdf proste neni vhodny format na upravu, pouze pro zobrazeni. doporucoval bych psat v nejakem ODF, a do PDF exportovat, pokud to potrebujes nekde vystavit.
poradit ti nedokazu, jen abys vedel, ze takovy problemy jsou a byvaji bohuzel casto...