Úplně normálně. Je jedno, jestli instaluješ na HDD, druhý HDD, externí HDD nebo USB Flash.
Jen dej pozor, kam chceš umístit zavaděč. Pokud to budeš spouštět na kompu, kterej umí bootovat z USB disku, potom dej zavaděč na USB disk. Při bootu vyber vždy USB disk a je to.
Problém by mohl nastat, když budeš mít potom při bootu připojený i další disk. Nějaké staré info najdeš i na
http://forum.ubuntu.cz/index.php?topic=27118.0