Díky za tip, zítra to vyzkouším.
Jinak jsem si trochu hrál a přišel jsem na zajímavou věc. Koukal jsem se do balíku libgtk2.0-cil a zjistil že DLL jsou nainstalované v /usr/lib/cli. Zkusil jsem jenom ze srandy jednu knihovnu přidat do projektu a ono to fungovalo, tak jsem odebral všechny problémové reference přidal přímé reference na DLL. Bohužel odebráním gtk.sharp to odebralo designer, a smazalo i jím vygenerovaný kód. Nejzajímavější je, že to šlo i přeložit, po zakomentování volání metod z toho co to smazalo. Bohužel to ale nešlo spustit a zkončilo vyjímkou
Unhandled Exception: System.MissingMethodException: Method not found: 'System.Type.op_Inequality'.
at MainWindow..ctor () [0x00000] in <filename unknown>:0
at GtkTest.MainClass.Main (System.String[] args) [0x00005] in /media/Disk320G-Data/Projects/Vlabra.NET/source/VlaBra.Tests/GtkTest/Main.cs:11
[ERROR] FATAL UNHANDLED EXCEPTION: System.MissingMethodException: Method not found: 'System.Type.op_Inequality'.
at MainWindow..ctor () [0x00000] in <filename unknown>:0
at GtkTest.MainClass.Main (System.String[] args) [0x00005] in /media/Disk320G-Data/Projects/Vlabra.NET/source/VlaBra.Tests/GtkTest/Main.cs:11
Missing method System.Type::op_Inequality(Type,Type) in assembly /usr/lib/mono/2.0/mscorlib.dll, referenced in assembly /media/Disk320G-Data/Projects/Vlabra.NET/source/VlaBra.Tests/GtkTest/bin/Debug/gtk-sharp.dll
Aplikace byla ukončena signálem: SIGHUP
Pravděpodobně to spadlo proto, že se ta knihovna snažila použít něco z .NETu 4.0, což neprošlo, protože to běželo v 3.5.
Z toho vyplývá otázka, jak je možné, že monodevelop dovolí přidat do projektu pro .NET 3.5 knihovnu .NET 4.0