Problém se mi povedlo vyřešit, ovšem ne zrovna šťastným způsobem. Formátoval jsem disk a znovu nainstaloval linux, tentokráte kubuntu. OpenGL běží, jen občas zaznamenávám "menší" chyby v grafice (např v Savage2 grafika špatně vykresluje mapu - běhám pak ve vzduchu, nebo naopak v texturách). Kdyby ovšem někdo přišel na řešení mého problému byl bych rád, kdyby se s řešením rozdělil, na internetu jsem viděl poměrně dosti podobných, nevyřešených žádostí o pomoc.
Děkuji všem, kteří se nad problémem zamýšleli - Fractal.