Urobene prostredie neznám, ale též bych to řešil přes PHP a funkci exec + nastavení příslušných oprávnění...moc dobrá věc, jde pak ovládat přes web celý server. Jen pozor na přiřazování práv a daných exec příkazů, dá se tak server i shodit

Příklad použití:
Spuštění CS serveru:
exec ("/PATH_TO_CS/hlds_run -game <your_game> +maxplayers 20 +map de_dust &");
Protože to chceš ovládat přes web, musíš nastavit, aby soubor hlds_run (+jeho závislosti, jestli nějaké má) mohl spravovat uživatel/skupina www-data..