Pokud spustíš okno emulátoru terminálu s BASHem, v GNOME typicky gnome-terminal a spustíš v něm aplikaci (jejíž spouštěč neřeší závislost na předkovi), tak tato zanikne se zavřením okna onoho terminálu jako jeho potomek, i když ho necháš spustit na pozadí příkazem &. Pokud chceš spustit z terminálu nezávislý proces, můžeš použít příkaz nohup (jak psal Bohouš). Pokud ale spustíš binární aplikaci po přihlášení, nebo desktopovým spouštěčem nespustí se v samostatném shellu (natož okně emulátoru terminálu, i když i to se dá definovat), ale přímo, tudíž není co řešit. Zrovna tak, když spustíš nějaký proces přes Alt+F2 - není to klasický shell.