Taky to může být tím, že je do systému přihlášen ještě jiný uživatel, například root na terminálu nebo přes ssh.
Ten GRUB_CMDLINE_LINUX="reboot=bios"
neřeší spíš problém, kdy se místo rebootu restartuje pouze jádro a systém do biosu vůbec nenajede? Toto mi dělá debian testing.