GPT a MBR definují základní strukturu dat na disku a liší se, proto si myslím, že změna GPT <-> MBR bude mít minimálně vliv na to, že nepůjde zavést již instalované OS, ale spíš to bude znamenat kompletní ztrátu dat z disku, kde toto nastane (proto bych osobně zkusil zalaborovat s tím efibootmgr a změnu struktury nechal až jako poslední možnost...)
EDIT: pokud se i tak rozhodnete pro změnu GPT <-> MBR, tak nejprve komplet zálohujte