Jak máš nainstalovaný systém? Nemáš /var na samostatné particii? Dej sem přehled, jak máš rozdělený disk a připojené diskové oddíly.
sudo fdisk -l
EDIT:
a
cat /proc/mounts
EDIT2:
Také se ujisti, že nemáš spuštěnou jinou instaci pro aktualizace (centrum softwaru, synaptic apod.)