A jak to mas nastavené? Mají opravdu oba monitory stejné rozlišení?
Zkus poslat Print Screen okna s nastavením monitorů (Alt+Print Screen).
Záleží také na tom, jakou máš grafickou kartu, např NVIDIA má své nastavení.
Mrkni sem, třeba to pomůže, i když to není pro UBUNTU 13.04, princip je stále stejný.
Jakou máš grafickou kartu, můžeš zjistit třeba příkazem v terminálu:
lspci | grep VGA