zatím bych to neřešil, počkej pár dní a pokud se aktualizace nezačnou korektně spouštět, začal bych to řešit. Jinak aktualizuj pomocí terminálu, ať máš přehled, kde je problém.
Tj. terminál = ctrl+alt+t
pak sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade a sleduj výstupy, tím si schopen zjistit problémový repozitář atd.